小智等人乘船来到伊吕波三岛，在这里意外遇到前来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题的小田卷博士！

根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于深海之牙与深海之鳞上。于是小智等人为了解开海底谜题，与岛上的观念不同，却又相互喜欢对立进化型的奈美子小妹妹和菊间小弟弟一起前往古老传说中的洞窟探索！

最终在两座岛屿上，分别找到了深海之鳞与深海之牙，奈美子的珍珠贝进化成她喜欢的樱花鱼，菊间的珍珠贝进化成他喜欢的猎斑鱼！成功化解了吕岛与波岛的矛盾！

告别小田卷博士，小智等人离开了伊吕波三岛来到了刚迦岛，在这里小智与岩清水来了场双打比赛，以过动猿与美纳斯组合轻松打败了岩清水，美纳斯成功进阶普通顶峰。

在这里还碰到了，不知道发什么疯要锻炼肌

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